台灣近年致力推動減碳政策，朝2050年淨零排放目標邁進。環境部研擬自2025年課徵碳費，據統計，台鐵及高鐵為排碳大戶，課徵碳費將使營運潛在成本攀升，雙鐵的成本壓力大，屆時勢必迎來新一波票價漲價潮，連帶乘客也須共同負擔。
交通部說明，若以經濟部「2022年燃料燃燒之二氧化碳排放統計與分析」報告，並假設碳費費率為每公噸10美元（約新台幣325元），且每公噸都須付費的情況下計算，台鐵的潛在排碳成本最高，約1億217萬元；次之為公車，但公車包含多家業者，不宜列為單一單位；高鐵居第三，約8390萬元；新北捷運則約68萬元。
環境部推行碳排減量祭出碳費徵收措施，雖然目前細則尚未訂定完畢，不過台鐵與高鐵碳排放量名列前茅，營運狀況必然會受影響。對此，台鐵指出，現階段正啟動碳足跡盤查，預計在明年第二季取得「產品碳足跡標籤」使用權，且成立「氣候變遷減緩與調適工作小組」，將陸續購置新電聯車、建設廠站綠電；高鐵表示已執行多項減碳、減塑方案，對票價是否調漲則語帶保留說還須討論。
台大先進公共運輸中心主任張學孔指出，台鐵已近全面電器化，其碳排量和潛在碳費成本才相對增加，以此苛責大眾運輸並不合理，就數據看來，軌道運輸碳排僅占各類交通運輸的百分之二。任何一種公共運輸工具都比自駕汽車、機車的碳排放量低，未來公共運輸因成本增加反應在票價上，反倒降低民眾搭乘意願，未必能落實減少碳排。
