環境部研擬自2025年開始收取碳費，各企業關注議題，憂心將大幅提高營運成本。交通部同樣留意碳費徵收規畫，所轄運輸研究所在研究計畫中以經濟部「2022年燃料燃燒之二氧化碳排放統計與分析」報告估算碳費，因此出現台鐵、高鐵等公共運輸恐出現漲票價壓力之說。然而環境部隨後發布公告表示運輸業未列徵收對象中，不宜將收碳費與調漲票價連結。
環境部強調，依目前預告碳費收費辦法草案，碳費收費對象為符合事業應盤查登錄及查驗溫室氣體排放量之排放源且其全廠（場）之直接排放及使用電力之間接排放產生溫室氣體年排放量，合計值達2.5萬公噸二氧化碳當量以上之電力業及製造業，依收費辦法草案規定，運輸業並非碳費首批徵收對象。
而交通部在認知運輸業非首批徵收對象下進行相關研究計畫，顯示未來仍不完全排除被徵收碳費。環境部卻大動作澄清，稱「媒體引述交通部運輸研究所的研究計畫指出，運輸業因碳費徵收可能增加營運成本，進而造成票價上漲的壓力。」說法不當。且重申碳費費率仍在審議，「議相關評估應本於事實，而非基於諸多假設前提，以免造成社會紛擾」，雙部門看法不盡相同。
