大陸海警13日宣布，釋放「大進滿88號」被扣留的4名船員，理由是「違法情節輕微」，因此，不予追究刑事責任；至於洪姓船長則仍在進一步調查中。洪姓船長是否有刑事責任、是否要罰款、罰多少，目前仍不清楚。
與陸方協商的台灣民間人士透露，洪姓船東和被扣船隻可能要等繳交罰款後，才會被釋放，至於罰款金額目前不得可知。
而據大陸海警5日公布的個案，中國海警局直屬第二局偵辦許某等人非法捕撈水產品案開庭宣判，許某等3名被告人分別被判處有期徒刑7個月到9個月不等刑罰；同時，3名被告人被公訴機關提起刑事附帶民事公益訴訟，共同承擔賠償海洋生態環境修復費用共計1200萬餘元人民幣（下同）。而許某等3人非法捕撈的漁獲只值129萬多元，罰款幾乎是非法所得的10倍。
雖然台灣海巡署宣稱，大進滿88號是「越界」捕魚而遭大陸扣留，但「中國海警」公眾號在宣布釋放4名船員時，只說大進滿88號「涉嫌非法捕撈」，福建海警局是以涉嫌「非法捕撈水產品」立案偵辦。
由於大陸堅持「兩岸同屬一中」，因此，對於大進滿在休漁期闖進休漁區作業，始終不稱「越界」，像國台辦發言人陳斌華在大進滿88號被扣的第二天（7月3日）評論此事件時就表示，大進滿88號違反伏季休漁規定，違規進行拖網作業，扣留該船是大陸海警正常執法，旨在維護相關海域漁業生產秩序、海洋漁業資源和生態環境。
事實上，在處理「大進滿88號」時，陸方基於維護兩岸民間關係而特別通融，被扣的船員都被安排住在民宿裡，不像違反禁漁令的大陸漁民被抓後，都直接送進看守所，情節嚴重的（如暴力拒檢）則是直接上手銬腳鐐，而且，要負刑責。
