表態參選高雄市長的民進黨立委林岱樺因涉嫌詐領助理費等案，遭檢調帶回偵訊時大喊「司法干預初選」，交保後，又傳出她要脫黨競選；為此，被媒體點名「出馬參選機率高」的總統祕書長潘孟安22日向《自由時報》表示，他會在台北襄贊賴總統國政所需，沒有南下高雄市參選市長的規劃；一些媒體的編撰揣測是在分化與弱化民進黨的軍心，不是事實。
林岱樺20日遭檢調帶回偵訊時高喊「政治干預司法、司法干預初選」，隨後，賴清德在公開場合時就不斷被媒體追問，但他不發一語；事隔一天，才由總統府發言人轉述，林岱樺遭檢方調查，賴總統同感驚訝，賴總統強調，任內絕不讓政治介入司法，也不允許司法介入初選；總統重申，態度一如過往，不分黨派不問何人，請司法明鏡高懸、勿枉勿縱。
但此時卻傳出潘孟安參選高雄市長機率高的消息，惹得21日凌晨才交保的林岱樺不滿，隨後就有人向媒體放話，林岱樺不惜脫黨參選到底；此時，就有「知情人士」向媒體表示，潘孟安戶籍始終在屏東，也沒任何經營高雄之舉止，而潘孟安本人也在22日親自向特定媒體澄清，沒有規畫參選高雄市長。
與此同時，高雄地檢署22日表示，由於林岱樺3人涉犯《貪污治罪條例》等嫌疑重大且有滅證、勾串之虞，今天將提出抗告。
潘孟安與賴清德交情深厚，2019年1月11日，時任行政院長的賴清德宣布內閣總辭，外界紛紛推測他即將挑戰時蔡英文，爭取民進黨總統提名；當天，時任屏東縣長的潘孟安就臉書貼文並附上兩人合照，標題寫著：「謝謝賴清德院長，江湖再見，再見江湖。」公開挺賴。
賴清德參選總統時，找潘孟安擔任競選總幹事，當選後，更安排他出任總統府祕書長，在在都顯示兩人的好關係。
