行政院長卓榮泰日前指示各部會，未來國民黨立委翁曉玲索取資料，必須先經過行政院的核準才能提供。對此，翁曉玲隨即指控卓榮泰藐視國會。行政院發言人李慧芝則強調，考慮到翁曉玲可能再次索取涉及國家機密的資訊，為了審慎起見，卓榮泰決定親自把關，以確保國家安全。
翁曉玲日前要求農業部提供戰時糧食儲備及供應地點的相關資訊，卻受到民進黨的連日攻擊，更被卓榮泰點名，為了保護國家安全，未來如果翁曉玲要向各部會索取資料，必須先經過他的同意。
李慧芝指出，根據立法院的職權行使法，立法院院會和各委員會向行政部門索取資料時均需遵循相關規定和程序。個別立法委員索取資料也需遵從政府資訊公開法及國家機密保護法等法律規定和審核流程，這是法治國家的基本要求。
李慧芝重申，對於涉及國家安全的重要資訊，政府會堅持立場，絕不後退。行政院將全力保護國家機密，維護國家安全，也呼籲委員尊重憲法與憲政體制，與國家和人民站在同一立場。
對此，翁曉玲表示，卓榮泰上任時說新內閣一定是「溝通內閣」。 但聽其言、觀其行，看他的表現，絕不是溝通內閣，而是「杯葛內閣」、「造謠內閣」， 現在又多了 「機密內閣」的頭銜， 只要是他不想回答或是沒能力回答的問題，就說是機密。
翁曉玲怒批，卓榮泰好大的官威， 對立委問政的資料，竟然拒絕提供， 可見是心中有鬼 ，怕被查出更多的弊案？當初國會改革法案增修「藐視國會」的罰則絕對是有必要的， 只可惜被一群保皇派大法官封殺了修法，爾後還是要再修法，否則不足以制衡這種狂妄、無法無天的行政威權
翁曉玲還說，話說回來，她其實對卓榮泰的關注沒那麼反感，甚至還有點得意，沒想到行政院上上下下這麼重視她的質詢， 對於她所有的提問索資，都要經過院長核定， 不也是一種尊榮， 同時還創了憲政史上首例。
