針對前立委蔡正元涉三中案二審判決結果，孫文學校總校長張亞中發表評論指出，該案已不僅是單一司法案件，而是反映出台灣司法遭政治化、工具化的結構性問題。他直言，當司法不再是權力的最後防線，而被視為清算政敵的工具，將對台灣民主造成長遠傷害。
張亞中表示，從案件內容來看，法院認定蔡正元侵佔阿波羅公司資金，但該公司為一人公司，股東僅蔡正元一人，相關認定在法律與商業邏輯上引發爭議。他表示，該案在前總統馬英九執政期間曾兩度獲不起訴處分，卻在蔡英文上任後重啟偵辦並進入司法程序，時序上的轉折引發外界對政治因素介入的質疑。
對於蔡正元曾公開指稱，檢方曾暗示只要配合指控馬英九即可換取無罪，張亞中認為，若相關說法屬實，問題已超越個案層次，涉及司法是否被用作政治施壓的嚴重疑慮。他強調，司法若被質疑成為逼迫政治供詞的手段，將動搖社會對法治的信任基礎。
張亞中說，蔡正元之所以持續成為司法追訴對象，與其政治立場與言行密切相關。蔡正元長期為國民黨內對民進黨政府批判力道最強的政治人物之一，近期亦公開提出彈劾總統賴清德的主張。他認為，司法若對特定立場人士採取高度選擇性的強硬作為，將產生寒蟬效應，使社會不同聲音逐漸噤聲。
張亞中也批評，民進黨近年執政呈現「敵我分明」的政治邏輯，政治對手與不同意見者，往往被貼上負面標籤，司法、媒體與行政資源在此脈絡下，容易被外界解讀為形成高度協調的政治運作體系，而非單純依法行政。
他點出，總統賴清德上任後，相關情況並未趨緩，反而加劇政治對立，導致社會陷入長期內耗。他認為，若此種零和政治持續發展，恐使台灣在未來數年內持續處於高度對立與不信任的狀態。
針對三中案整體結果，張亞中表示，相關司法判決已確認前總統馬英九並未涉及不法，國民黨亦未主張自身權益受損，反而僅蔡正元遭判有罪，與民進黨長期操作的政治敘事形成落差，也引發外界對案件公平性的不同解讀。
張亞中強調，在民主社會中，司法應讓所有人同樣敬畏，而非只對特定立場產生壓力。他呼籲，法律應成為衡量是非的尺度，而非政治鬥爭的工具，否則將對台灣的法治與民主根基造成不可逆的損害。
張亞中最後直言，「真正該被審判的，或許不是蔡正元，而是一個正在偏離法治初衷的政治體制本身」。
