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海基會董事長、前桃園市長鄭文燦疑涉犯貪污治罪條例，6日遭桃園地檢署聲押，桃園地院裁定500萬元交保，鄭文燦請辭海基會董事長獲准，全案對台灣政壇投下超級震撼彈，環繞賴清德總統的各種陰謀論也隨之而起，為釐清各界疑議，展現肅貪決心，達到除惡務盡目標，除了依法嚴審鄭文燦案外，賴清德政府與民進黨應密切配合立法院調查過去8年的重大弊案，以及從台南市展開打詐、掃黑、肅貪工作。
針對鄭文燦案，總統府6日第一時間透過發言人表示，尊重司法，期盼司法單位秉持勿枉勿縱的精神，儘速釐清事實；賴清德本人也於次日主動站上第一線宣示，「不分黨派，不問何人，只要涉及非法，檢調都應該查辦，勿枉勿縱。打詐、掃黑、肅貪，是目前政府重要的工作，目的是要維護國家的生存發展、社會的安定，以及回應人民深刻的期待」。
賴清德完美切割鄭文燦
賴清德對鄭文燦是否清白未置一詞，對他請辭海基會董事長也毫無慰留之意，可謂對鄭文燦作了「完美切割」，但口頭上的宣示肅貪、掃黑的決心，無法平息各界的疑慮，特別是考量賴鄭之間長久以來的政治恩怨糾結，賴清德亟欲整合黨內各山頭，樹立個人權威，甚至創造施政績效等因素，令人懷疑賴清德本人及政治力深深介入鄭文燦一案。
鄭文燦出身「野百合」學運世代，他與賴清德同屬新潮流，是新系的代表人物，以足智多謀、身段柔軟著稱，在黨內號稱「胖周瑜」。2008年蔡英文擔任民進黨主席以來，鄭一直深受倚重。2014年成為桃園改制升格為直轄市後首任市長，2018年成功連任，政治行情攀上高峰。2019年民進黨內初選，賴清德與蔡英文一較高下，鄭當時力挺蔡英文，最後蔡出線並順利當選連任，身為蔡英文「愛將」的鄭文燦一度被視為蔡的熱門接班人選。
但伴隨而來的爭議也不斷，爆出澳門接受性招待影片疑雲、台大國發所碩士論文抄襲案、遭立委黃國昌指控與涉嫌地下匯兌的88會館負責人密切往來，如今涉嫌林口工五擴大用地弊案遭遇從政以來最大難關。無論未來案情如何發展，鄭文燦的政治生涯大概已經畫上句點。然而民進黨執政8年多，層出不窮的積弊根深蒂固，鄭文燦案只是冰山的一角，賴清德決心肅貪？還是黨內宮鬥，剷除異已？要觀察是否會擴大打擊面。
除了依法偵辦鄭文燦案外，賴清德至少要做到以下兩件事，才能展現他肅貪、掃黑不是針對性、選擇性辦案。首先，在立法院通過國會改革五法，行政院覆議失敗，總統頒布實施後，立法院將啟動調查權，成立「鏡電視調查小組」、以及超思進口雞蛋、聯合再生光電弊案調查小組，民進黨不應以向憲法法庭聲請暫時處分、釋憲為由，或以議事杯葛手段反對查弊。
其次，賴清德擔任台南市長8年，台南市被視為是他的「本命區」，弊案叢生恐怕也是全國之首，光電弊案、台南正副議長賄選案、88槍擊案、學甲爐渣案等罄竹難書，府城蒙塵淪為「黑金之都」、「慶記之都」。
肅貪掃黑 須從台南市開始
最諷刺的是，賴清德揚言打詐、掃黑、肅貪是最重要的工作，言猶在耳，就發生台南市區漁會理事長林士傑在台南市住家門口，光天化日之下遭行刑式槍殺死亡，據了解，他也是台南市民進黨內部要角之一。賴清德的政治生涯發跡於台南市，無論擔任國民大會代表、立法委員、及市長都與台南市密不可分，雖然自2017年出任行政院長後就在中央服務，當今台南市黑道橫行、弊案頻傳多少與他市長任內有所關聯。因此，台南應列為掃黑肅貪的重點地區，唯有大公無私，絕不護短才能真正落實他的承諾。
有分析指出，賴清德可藉打擊鄭文燦案挽回滑落的聲望與支持度，這顯然低估了鄭文燦案可能引爆一系列未爆彈，對民進黨是雙面刃，連帶影響民進黨備戰的2026年地方選舉。潘朵拉盒子已經打開，賴清德如何履行自己的承諾，打造政治清明、政府廉潔，不任由貪腐和弊端侵蝕台灣的基礎，全民都在看。
