針對大陸取消ECFA清單中12項台灣石化產品的關稅減免，經濟部第一時間即表明，兩岸都是WTO會員，貿易爭端應該在WTO機制下討論解決；陸委會則是不排除在不設前提的情況下，透過ECFA的爭端解決機制「兩岸經濟合作委員會」協商，但在國台辦宣布是「在九二共識的基礎上」協商後，政府目前只能透過WTO爭端解決機制，爭取與對岸協商。
2023年4月，大陸首次透過WTO代表團管道通知台灣將進行貿易壁壘調查，而在前幾次大陸禁運台灣農漁產品後，農委會都宣稱要去WTO「提告」，但卻被發現只是在「技術性貿易障礙」（TBT）委員會會議提出特定貿易關切，要求中方與我方進行技術性諮商，卻未獲得中方回應；事後，農委會都以「中方不回應」搪塞。
而從澳洲與中國的貿易爭端解決過程，就足以顯示蔡政府並未積極在WTO機制下與對岸協商解決貿易爭端。
2020年，中方對澳洲大麥課徵報復性關稅後，澳洲立即於WTO啟動磋商，磋商未果，就轉向爭端解決機構（Dispute Settlement Body，簡稱DSB），發起爭端解決機制，隨後成立爭端解決小組（Panel），交由Panel裁決。
外界質疑，由於台灣單方面限制大陸產品進口，基本上就違反WTO規範，真的啟動爭端解決機制，就輸定了，因此，政府根本不敢真的到WTO「提告」大陸貿易制裁。
但在21日的陸委會例行記者會上，對於記者兩度提問「是否向WTO提告」、「是否真的啟動爭端解決機制」，陸委會副主委詹志宏都表示，經常與駐WTO代表處，代表處目前確實正在往這個方向努力。
