大陸漁船翻覆善後協商中斷5個多月後，突然重啟並迅速達成共識，有媒體報導，是包括金門紅十字會等民間團體從中促成，而我方曾一度拒絕金門紅會代表參加30日的公祭，是陸方堅持，我方才放行；對此，陸委會主委邱垂正堅稱，不管什麼模式，所有重點都在政府主導，官方才具有公權力。
邱垂正30日晚間召開記者會，說明大陸漁船翻覆事件的善後協商，針對記者提的「重啟談判的時間點跟契機」、「有那些溝通管道」、「金門紅會在陸方的堅持下才出現在公祭當中」，邱垂正回應，海巡署自2月事件發生後，就與對岸建立窗口，持續交換意見，雙方距離逐漸拉近，也理解彼此的堅持及需要，雙方展現智慧與誠意，圓滿處理。
邱垂正表示，兩岸互動30多年來，不管氣氛如何跌宕起伏，雙方透過各種不同的模式與方法協商，重點都是政府主導，因為官方有公權力，才能維護國安與確保民眾權益。
邱垂正表示，過去兩岸協商不少是因「政府主導、民間協助」才獲得圓滿結果，他感謝台灣各界、金門縣政府、金門縣議會與當地人士提供的協助。
邱垂正說，不管外界稱之為兩岸兩會模式、金門模式、澳門模式、事務性協商、小兩會，甚至複委託等，重點都在政府主導，官方才有公權力，才能維護國家安全及民眾福祉，才有能力務實解決民眾問題，這是政府存在目的及價值。
邱垂正強調，以前在陳水扁總統時代，所謂的「澳門模式」就是政府主導、民間協助。
「澳門模式」是陳水扁執政期間，由兩岸公協會代表在澳門會面，兩岸官員則以各公協會「顧問」身分直接參與談判，著名案例有兩岸春節包機，以及開放第一類中國觀光客來台旅行。
邱垂正表示，台海情勢複雜敏感，任何單一、突發事件均可能造成雙方互動的阻礙與挑戰，甚或衍生重大風險，但若能「秉持相互尊重理解的對話溝通」、「維護既有公權力的制度化協商機制運作」，絕對是化解緊張對立、促進雙方良性互動，保障民眾權益的最有效途徑；我們希望雙方皆能從這次事件汲取經驗，全力避免類此遺憾事件的再度發生。
