新冠疫情爆發後，不只醫院出現大批藥師出走的情形，就連一般診所也鬧起「藥師荒」。依《藥事法》規定，醫師無調劑藥品權，因此醫院或診所必需配備合格藥師駐點，據基層醫療協會調查發現，目前已有超過8成診所聘不到藥師，造成醫師被迫與周遭藥局合作，才能讓病患領藥。對此，醫界紛紛要求衛福部增加藥師人力。但衛福部表示，本周「健康台灣推動委員會」將針對醫療體系人力分布討論因應方案。
因現行法規定，藥局、藥妝店、醫院、診所皆需要有合格藥師，使得藥師需求量大增，且疫情後，連鎖藥局不斷開張，醫藥甚至直接開啟搶人大戰，許多藥房紛紛祭出每月12萬元的高薪、分紅入股、高額獎金等福利徵才，造成大批藥師紛紛離開大醫院及診所。而許多大醫院為了不讓人才出走，啟動簽約金機制，像是簽2年約就給40萬來留住藥師。
據中時新聞網報導，因多數藥師都被高薪吸引去連鎖藥局，小診所若不開出月薪10萬就聘請不到藥師，基層醫療協會8月初更對全國各縣市1001家診所進行調查，並發現高達83.2％的診所出現藥師人力不足的情形，甚至有2成左右的診所聘請不到專業藥師。對此，醫界不斷抱怨，藥師每年考照率只有3成，藥師團體又要求政府不能放寬總額，造成藥師在醫療產業內應求，紛紛要求衛福部增加藥師人力。
對此，藥師公會全聯回應，全球先進國家藥師比為1萬人中有8.7名藥師，而台灣則是高達13名，藥師人力明顯供過於求，且醫院藥師平均一天要調劑上百張處方箋，薪資才6萬元，而社區藥局每人每天僅需調劑30多張，薪水還更高，當然不會繼續留在醫院。 認為福部應提供誘因，提升醫院聘任藥師的待遇。
對於醫界反映藥師大缺工的問題，衛福部醫事司司長劉越萍表示，大部分的醫師會投入臨床單位，但藥師還有藥廠、研發等工作可以選擇，因此留在醫院或診所的人會相對較少，衛福部將以「健康台灣」為目標，討論醫療人力分配及「醫藥分業單軌制」，包括藥品僅由藥局調劑、診所不再聘用藥師等議題。
