新冠肺炎大流行迄今4年多，僅管疫情已經消退，但包括研究人員、情報機構、媒體與業餘調查者始終在爭論大流行的起源，在2種主要可能情況間擺盪：動物的自然溢出，或病毒實驗室發生的外洩。
《華盛頓郵報》（The Washington Post）報導，一支由23名國際學者組成的研究團隊周四（19日）在權威科學期刊《細胞》（Cell）發表論文，以《對COVID-19大流行中心的市場野生動物和病毒進行基因追踪》（Genetic tracing of market wildlife and viruses at the epicenter of the COVID-19 pandemic）為題指出，根據最新的新冠疫源研究，相信新冠病毒最先在大陸武漢的華南海鮮批發市場傳播。
報告支持了病毒的「自然溢出理論」（natural spillover theory），但仍無法排除其他起源，因為此次研究存在一個關鍵限制：大陸研究人員在疫情爆發初期、市場關閉之後，獲得的基因數據並不足以證實是否有任何動物實際上感染了新冠病毒。法國國家科學研究中心的演化生物學家、論文的合著者德巴爾（Florence Débarre）表示：「我們看到的結果與受感染的動物一致，但我們無法證明它們就是起源」，「此外，即使動物受到感染，我們的研究也無法排除病毒在人類與動物間傳播，因為採樣是在市場內出現人類感染後進行的。也就是因此，無法排除病毒透過受感染的人類或冷鏈產品進入市場的可能性」。
研究團隊利用基因組測序技術，分析數百個從華南海鮮批發市場採集的樣本，辨識出疫情爆發時市場內有哪些動物。結果顯示，採集到最多新冠病毒樣本的區域有貉、白竹鼠、狗、歐洲兔、東北刺蝟、馬來豪豬（Malayan Porcupine）、小麂（Reeves's muntjac）、喜馬拉雅土撥鼠和果子狸，其中貉、兔、狗早先就已證實感染新冠病毒後可能再傳染人類。研究人員強調，這並不代表上述動物都感染新冠並毒，但在非常接近新冠病毒樣本的位置發現其DNA，有時甚至在相同樣本中，顯示有很大機會該動物在市場內時體內帶有病毒。
德巴爾指出，與2023年國際團隊的非正式報告相比，此次發表在《Cell》中的新論文更全面探討了更廣泛的問題，並包含更多來自市場和早期患者病例的數據。2份報告都證實在華南海鮮批發市場的特定區域發現了新冠病毒的痕跡，與動物的基因痕跡。新論文的一個重要內容，是對疫情開始時間的分析。科學家根據「以相對穩定速度進化」的新冠病毒的突變，推算資料庫中儲存的數百萬個基因組在何時擁有最接近的共同祖先。研究人員表示，基因證據顯示2019年11月中旬是新冠病毒最可能擴散到人類並開始傳播的時間，其中可能發生至少2次的外溢事件。
報告的共同作者、加州史克里普斯研究所（Scripps Research）傳染病學研究員安德森（Kristian Andersen）指出，在最先確診染疫的174人當中，近三分之一與華南海鮮市場有關，其餘大部分人則住在市場附近，有許多獨立的證據表明該市場是這場大流行的「震央」（epicenter）。史上其他疫情從未有過如此詳細的記錄，「對於以前任何一次疫病爆發、大流行，凡是你能想到的，我們都沒有這種程度的證據。我們可以將範圍縮小到一個市場，再縮小到該市場的一個部分，甚至可能縮小到該市場的一個攤位。這真是令人難以置信」。
報告認為，基因證據支持以下的假設：新冠病毒（學術名稱為SARS-CoV-2）的出現方式，與2002至2003年間造成全球恐慌的「嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒（SARS，Severe acute respiratory syndrome）」（學術名稱為SARS-CoV-1）相同，但SARS在引發全面大流行之前就被消滅了。報告認為，世界需要採取更積極的行動來制止野生動物的非法貿易，以降低另一場災難性大流行的風險。
德巴爾表示：「目前掌握所有關於疫情起源的數據都指向同一個方向，那就是華南市場的野生動物貿易。但這樣就能結束爭論嗎？恐怕不太可能」。
「自然外溢」說一直受到「實驗室洩漏理論」（lab leak theory）支持者的挑戰。「實驗室洩漏理論」是一系列場景的總稱，其中許多都涉及武漢病毒研究所（Wuhan Institute of Virology）。這個龐大的研究所對冠狀病毒進行了廣泛的研究，包括SARS病毒。實驗室洩漏理論的支持者認為，該研究所在進行研究時採用了過度寬鬆的生物安全標準。
關於新冠病毒起源的爭論仍然充滿爭議和政治化。它也與地緣政治緊張局勢以及有關生物安全實踐和實驗室實驗監管的更廣泛辯論糾纏在一起，這些實驗旨在評估和了解病原體可能造成的威脅。此理論於2020年初出現，並受到美國前總統川普（Donald Trump）的支持。2021年5月，有18位科學家對《科學》雜誌（Science）發表聯名信，表示流行病的所有可能起源，包括實驗室洩漏，都值得調查，之後拜登總統（Joe Biden）也要求情報機構進行調查，但仍無法取得共識。大多數單位傾向於天然來源，而仍有2個機構傾向於來自實驗室。
參議院共和黨人在2022年的一份報告表示，「與研究相關的事故」是大流行「最有可能」的起源，儘管它也不排除自然起源，因為「缺乏自然界人畜共患病溢出的關鍵確鑿證據」，也沒有證據顯示新冠病毒或其祖先在疫情爆發前已存在於實驗室內。大陸官員始終否認病毒來自實驗室，但陸方允許外部進行調查有限，使得缺乏透明度一直是尋找病毒來源的障礙。
大陸官方也不承認市場來源，反而提出了全球科學界普遍駁斥的猜測，也就是「新冠病毒來自中國境外」，可能透過冷凍海鮮包裝或來自美國馬里蘭州的軍事研究設施。安德森表示：「對於這個問題：病毒究竟來自實驗室還是來自市場？我想我們已經知道答案了，就是市場。這是很自然的，正如我們之前所看到的」。
