日本航空（JAL）編號516班機2日降落東京羽田機場時，在跑道與準備起飛的海上保安廳定翼機擦撞起火，客機上379人全數安全逃生，僅14人受傷。海上保安廳飛機上共6人，有5人殉職，39歲的機長嚴重燒傷，日本國土交通省傍晚公布事故發生前4分鐘塔台與兩架飛機通話紀錄，直至擦撞發生前，塔台並未容許定翼機進入跑道。
根據國土交通省公開的通聯記錄，當地時間2日下午5時43分，即相撞前4分鐘，塔台指示日航飛機繼續飛近羽田機場，兩分鐘後再確認日航飛機獲准在跑道降落。塔台同一時間指示定翼機不要靠近跑道，要求滑行到等待地點。紀錄顯示，定翼機機師重覆確認指示。
日媒報導，日本運輸安全委員會與東京警視廳分別對事故展開調查，東京警視廳在東京機場警察署設立搜查本部，朝業務過失致死方向釐清是否有刑事責任，並計劃對相關人員進行詢問。
據報導，日本航空詢問機組人員後指出，當時已確認得到塔台降落許可。國土交通省人士接受日本放送協會NHK訪問時證實，經確認事故前塔台已許可日航進入跑道，並指示海上保安廳飛機在跑道外等待。但海保廳飛機機長在事故後卻說，飛機當時已獲塔台起飛許可，明顯與國土交通省掌握的訊息不同。
目前，海保廳飛機的兩具黑盒子3日上午已找到，將分析相關通聯狀況與飛行紀錄，相信很快可釐清真相，而日航黑盒子仍持續搜索中。
另據NHK報導，由於羽田機場發生事故，日本航空公司3日宣布取消日本國內航班44架次，全日空取消日本國內航班54架次、國際航班1架次，預計約有1.9萬人受影響。2日一度關閉所有跑道的羽田機場，則已恢復開放3條跑道。
