上任不到一年，賴總統的國安「預備隊」已經從幕後走到台前，除了最近猛批台北市長蔣萬安的海基會祕書長羅文嘉，國安會諮委馬永成又出任政務委員，主要責負「全社會防衛」與對外溝通。「羅馬」兩人出身學運，又受前總統陳水扁重用，賴清德用這兩人既能以扁系制英系，又能加強對在野黨的攻擊火力，一舉兩得。
賴清德自己說要「蔡規賴隨」，上台後組建的國安團隊，包括副總統蕭美琴、國安會祕書長吳釗燮、國防部長顧立雄、陸委會主委邱垂正、參謀總長梅家樹、國安局長蔡明彥等人，都是蔡英文留下的人馬。
但近期，已出現賴清德調整國安團隊的跡象，首先體現在兩岸交流政策收緊上。11月4日美國大選前，賴清德政府即暫時中斷兩岸交流，其中包括廈門大學校長張宗益等人參訪金門大學，陸委會在9月26日表示「原則上基本上是同意了」，但後來又打回票；還有廈大台研院院長李鵬等人申請與金門大學交流案，陸委會也是先口頭同意了，後來也打回票。
經有關人士向陸委會打聽的結果，得到的回覆卻是「陸委會沒有擋」，陸委會沒擋，自然就是上頭的國安會擋；有關人士在打聽兩岸交流案被否決的過程中也發現，賴政府與美國的主要溝通管道也不再是前駐美代表的蕭美琴，因此，無法掌握美國大選動向也成了暫時中斷與大陸交流的原因之一。
羅文嘉在野百合學運期間，是學運組織最主要的發言人，對付國民黨校園黨工的火力凶猛，臨場辯才無礙；這次處理雙城論壇更是火力全開，連續幾日出招猛攻蔣萬安，逼蔣萬安向中共要人，再現學運時代的作風。
2000年陳水扁出任總統後，馬永成出任總統府機要祕書，2005年，改任總統府副祕書長。律師出身的陳水扁重視公開演說的準確性，因此，所有公開演說事前都要準備演講稿，而馬永成就是負責統整演講稿。
但與羅文嘉相對內斂的作風不同，馬永成任官期間，就常被在野黨立委指控涉及多宗弊案；2006年6月1日，受台開案影響，辭去總統府副祕書長一職；2006年11月3日，因國務機要費案被起訴；2008年11月4日，因國務機要費案列為被告，並遭到收押。
民眾黨立委林憶君向「聯合新聞網」表示，賴清德重用扁系大將已有先例，例如任用羅文嘉擔任海基會秘書長、任用李逸洋擔任駐日代表，顯示賴清德在用人上都選擇用人唯親，甚至寧願選擇把過去扁系大將放在國防和兩岸外交重要的國家議題上。
