行政院今（2日）召開2025年首次的院會，並決議針對立法院於去年12月20日通過的《憲法訴訟法》第4條、第30條及第95條條文修正案提出覆議。總統府發言人郭雅慧表示，行政院今天已呈報總統賴清德，對於立法院三讀通過《憲法訴訟法》修正條文，認有窒礙難行之處，所以移請立法院覆議，賴清德已經核可。
行政院長卓榮泰表示，經過深入討論，行政院認為《憲法訴訟法》第30條第2項至第6項的規定以立法超越司法，這種不合理的標準將會導致憲法法庭的運作受到實質影響，違反司法院大法官對憲法的忠誠義務，並可能對人民及機構尋求救濟或解決憲法爭議的權利造成嚴重威脅，進而影響我國的憲政秩序。
卓榮泰指出，修正條文第4條第3項中對總統提名大法官後，立法院行使同意權的期限並未規定，這使得憲法法庭的穩定運作無法得到保障，規範的不足也會造成運作變得困難。此外，修正的第95條規定則讓現任的大法官無法行使其憲法職權，進一步癱瘓了憲法法庭的運作，且缺乏過渡條款以妥善處理原本應屬於憲法法庭的案件。
卓榮泰重申，我國憲法在政府結構上採用五權分立的體制，任何憲法機關的權利行使都必須尊重權力的分立與制衡，並且不得侵害其他憲法機關的權力範圍。他立法對大法官的職權行使不應過度干預，以免侵害司法權的正常行使。
卓榮泰表示，行政院作為我國最高的行政機關，行政院有責任維護憲政秩序並保障人民的基本權利。希望透過此次覆議，能促使立法院重新審核法案內容，以尋求符合憲政及國家利益的最大共識，並妥善回應公民社會及各界的關切，確保憲政體制的正常運作。
總統府發言人郭雅慧表示，去年12月20日，立法院三讀通過的《憲法訴訟法》修正案，將對憲法法庭運作造成深遠影響，危及違憲審查功能。所以為了守護民主自由憲政秩序，保障人民基本權利救濟，賴清德基於行政院所提覆議理由，依照《憲法增修條文》規定程序，核可行政院向立法院提起覆議。
郭雅慧指出，賴清德認為憲法法庭審判權的行使，不只攸關國家憲政秩序維護，也與人民基本權利保障息息相關。且此次修正條文實存有高度憲政爭議，所以希望能透過憲法所定之機制，讓立法院朝野政黨，有機會再次檢視法案內容，期盼能透過理性的溝通與協商，尋求共識。
國民黨立法院黨團書記長林思銘對此表示，國民黨團尊重《憲法》賦予行政院提出覆議的權利，也在預料之中。但國民黨團會否決覆議案，會請立法院長韓國瑜召集朝野協商，討論表決日期，他預計會在本月10日、14日院會處理。
