面對美國出動B-2轟炸機重創福爾多（Fordow）等三座核設施後，伊朗先前雖曾誓言報復，如今卻面臨殘酷抉擇。若升高軍事行動，可能招致全面戰爭甚至導致政權崩潰；若選擇退讓，則將喪失談判籌碼與區域影響力。德黑蘭外交與軍事高層正評估下一步，，而美以聯手發動攻擊，也令伊朗原本試圖透過歐洲與鄰國斡旋的外交路線徹底破局。
《紐約時報》報導，伊朗的神權統治者長期以來對美國懷有公開敵意。從高呼「美國去死」到在美軍暗殺伊朗最高將領後襲擊美軍駐伊拉克基地，伊朗政府多次逼近與美國爆發直接軍事衝突，卻總在關鍵時刻收手。但隨著美國空襲伊朗核設施，這場衝突已進入更危險階段。
空襲之後，伊朗外長阿拉格奇（Abbas Araghchi）在社群媒體上表示，伊朗有正當權利對美國針對其核設施的攻擊做出回應，並警告：「伊朗保留一切選項，以捍衛其主權、利益與人民。」
阿拉格奇指控美國違反聯合國憲章與國際法，並補充說：「今天清晨的事件令人震驚，將招致深遠的後果。」
兩名伊朗高層官員透過簡訊表示，在空襲發生前，原本仍寄望美國總統川普（Donald Trump）能被其內部反對捲入中東戰火的幕僚所勸阻。據這兩名官員說法，阿拉格奇當時正在土耳其與歐洲及阿拉伯各國領袖會晤，試圖爭取支持。
但這項努力最終失敗。伊朗原子能組織隨後發表聲明，證實美軍攻擊，稱美國於當地時間周日清晨「暴力襲擊」伊朗福爾多（Fordow）、納坦茲（Natanz）與伊斯法罕（Isfahan）等三處核設施，並宣稱此舉「違反包括《核不擴散條約》在內的多項國際法，是對伊斯蘭伊朗的敵意行為」。
在與以色列交戰期間，伊朗迄今尚未對美軍與美國在中東的基地與設施發動直接攻擊，但伊朗軍方高層早已警告，一旦美國正式介入戰爭，將遭報復。
伊斯蘭革命衛隊前總司令、現任伊朗最高國安會成員雷扎伊（Mohsen Rezaei）在空襲前數小時透過國營電視警告稱，若川普參戰，伊朗將攻擊美軍基地、引爆波斯灣的水雷，並封鎖荷姆茲海峽（Strait of Hormuz）。
伊朗具備對全球能源運輸造成嚴重破壞的能力。每天約有2,000萬桶原油及石油製品經由荷姆茲海峽運送。
阿拉格奇日前接受美國國家廣播公司（NBC）訪問時表示：「在戰爭中，雙方會互相攻擊，這可理解。」他補充，伊朗保留對美國攻擊進行報復的權利，就像對以色列一樣，「自衛是每個國家的正當權利。」
報導分析指出，但伊朗的選項極其殘酷。無論選擇哪一條路，都可能成為伊斯蘭共和國近50年統治歷程的轉捩點。
若伊朗報復美國，可能引發全面戰爭，導致政權垮台或陷入多年動盪，如同先前伊拉克與阿富汗的命運。
若選擇退讓、接受停火協議，伊朗將淪為昔日殘影：核能力被削弱、軍力受創，幾無籌碼爭取解除制裁。伊朗在區域內作為影響力強大的主導者的地位，也將大幅下滑。
德黑蘭保守派政治分析家薩雷希（Reza Salehi）在空襲後受訪表示：「若我們不採取行動，美國將得寸進尺。」他警告，若重返談判桌，對方勢必將提出削弱防衛能力等新要求，使局勢更加複雜。
美國的空襲也可能引發伊朗盟軍在區域內的報復行動。但以色列已重創黎巴嫩真主黨與加薩的哈瑪斯，而伊拉克的親伊朗民兵也多數已停止攻擊美軍基地。導致伊朗在區域內可依賴的代理勢力日益有限。
在此情況下，葉門的「青年運動」武裝組織已成為伊朗陣營中最具威脅的武裝力量。該組織早已警告，若美國介入對伊攻擊，將破壞5月與川普達成的停火協議，並針對美軍目標行動。軍事發言人薩里亞（Yahya Saree）21日表示，若美國參與與以色列的聯合攻擊，他們將襲擊美方在紅海的軍艦與船隻。
在以色列13日發動突襲前，伊朗與美國原本正在阿曼斡旋下就核計劃進行談判，商討凍結核進程以換取制裁解除。美方要求伊朗拆除核計劃、停止濃縮鈾，並提出與阿拉伯國家共同組建核能聯盟，供應民用核燃料的構想。
伊朗當時正準備回應，但多位官員表示，在伊朗境內停止鈾濃縮為紅線，核設施也不會拆除。這場談判在以色列發動空襲後破局，原定在襲擊兩天後的美伊阿曼會談因此流產。
