前民眾黨主席柯文哲捲入京華城案，北檢去年11月傳喚柯文哲太太陳佩琪，詢問被查扣的行動硬碟是誰的？陳佩琪證稱，「這個USB不是我在用，是柯文哲在使用」，北檢認定硬碟就是柯文哲的，也認為他有收下沈慶京1500萬元賄款，成為起訴柯文哲關鍵證據。然而，台北地院19日審理時，檢方表明陳佩琪的偵訊筆錄未列本件證據、有另案偵辦，柯文哲律師團譴責檢方捏住重要證據、要辦陳佩琪涉犯財產來源不明罪，請合議庭制止檢方施壓證人的不當作法。
北檢去年8月30日對柯文哲發動大規模搜索，在柯文哲住處臥房，找到一枚A1-37行動硬碟，其中Excel檔「工作簿」記載「小沈-1500」。北檢於去年11月7日傳喚陳佩琪，詢問硬碟是誰的？陳佩琪證稱，「是柯文哲在使用，她不知道裡面有什麼資料」，北檢認定硬碟就是柯文哲的，也認為柯文哲有收下沈慶京1500萬元賄款，成為起訴柯文哲的關鍵證據。柯文哲本人始終否認硬碟是他的，也否認硬碟內的工作簿Excel檔案是他做的。
北院19日審理京華城案，審判長江俊彥在庭末處理程序事項，沈慶京的委任律師徐履冰突表示，北檢起訴書提到「證人陳佩琪」，至今卻沒看到筆錄，他當庭請法院命檢察官提出筆錄。公訴主任檢察官林俊廷回應，陳佩琪的筆錄並未列入證據清單。徐履冰指出，證據清單沒有記載，但起訴書在第128頁明確提到陳佩琪，而且明確記載她是「證人」。
審判長江俊彥表示，檢察官在本案「證據名稱及所犯法條」項下，確實有列出陳佩琪的證詞，但依照公訴檢察官所述，卷內沒有這個筆錄，目前有兩個方式處理，第一，維持原本內容，檢方可以提出陳佩琪於去年11月7日做的筆錄佐證，其次則是刪除起訴書記載，而且不准援引。
公訴檢方表示，起訴書的這段內容，只是要證明行動硬碟的「使用者」是柯文哲，因為硬碟是在柯文哲臥室裡扣到的，但這個爭議，歷經審理過程後已經釐清，因此同意捨棄，檢方也表示，公訴組沒有取得陳佩琪的筆錄，這部分應該是「另案偵查」。檢方表示，可以理解律師徐履冰很想取得筆錄內容，目前的折衷方案是，如果有必要，可請法院向北檢函調，公訴檢察官沒有權限自行決定。
柯文哲、沈慶京律師團聽聞後炸鍋，柯文哲律師鄭深元表示，去年12月底本件起訴移審，檢方就說陳佩琪是關鍵證人、與柯文哲有勾串之虞，建請續押柯文哲，當時律師團已反映證據清單沒看見這份筆錄，檢方允諾盡快補送，時隔8個月，現在卻改口。
鄭深元批檢方為羈押、延押柯文哲，不惜捏造不實證據、「令人非常痛心」，鄭深元更挑明說，這和時任副市長彭振聲太太的筆錄一樣，檢察官可能隨時準備另案做「適當偵查行為」，就是要辦陳佩琪涉犯財產來源不明罪嫌，刻意把重要證據留在地檢署、捏在手裡，視本件審理進度，決定要不要出手偵辦，這種行為應該嚴厲譴責。
鄭深元也砲轟，檢方在本件審理時，另案搜索威京旗下中工公司、中石化公司，以涉犯《證券交易法》為由，約談京華城案已認罪的緩起訴被告朱亞虎等人，形同施壓證人、違反公平審判原則，現在還隱匿證據，請合議庭制止檢方利用偵查優勢的不當作法。
沈慶京律師蘇振文補充說明，去年9月檢方偵辦聲押時，就用過柯文哲與陳佩琪有勾串之虞當理由，柯文哲的律師陸正義也強調，起訴依法應將卷宗與證據併送法院、「這是硬規定」，檢方對此毫無裁量空間。
審判長江俊彥強調，如果檢辯認為有必要調取陳佩琪的筆錄，可以具狀向法院聲請，因為檢察官指稱陳佩琪的筆錄涉及另案偵查，法院不適合「主動依職權」向檢方調取，但檢辯如果具狀並敘明理由，合議庭可以拿聲請狀當作附件，向北檢函調這份筆錄。
江俊彥指出，合議庭不贊同在法定訴訟程序外，任何試圖影響對造如何提出訴訟攻防的行為，不過，依照不告不理、法定法官、司法被動性等原則，法院無從對檢方起訴書所載的事證之外，是否涉及其他不法，主動進行調查，但如果涉及本案證據能力、證明力，與本案相關的，法院會依法加以審酌，但也僅止於此。
該起檢辯攻防引發網路議論，《批踢踢實業坊》（PTT）論壇上的網友也炸鍋，「全都是押人取供的藉口，可悲北檢」、「涼了…原來在辦財產來源不明…」、「查了一年，什麼都查不出來，狗檢」、「時隔8個月，現在卻改口... 把柄捏在手上？」、「北檢這做法沒違法嗎？」、「簡單來說檢方陳珮琪當證人做筆錄 並且作為當初羈押柯的理由 結果現在開庭被告要調這份筆錄被檢調說這筆錄不再證據清單內 那表示當時羈押的理由根本就瞎掰的」、「壓人取供太好聽，根本是靠身心虐待取供」。
