國民黨立委翁曉玲提出《中央行政機關組織基準法》修正草案，三級機關正、副首長，須經立法院同意後任命。對此，人事行政總處表示，現行相當三級機關的獨立機關，不適合改由立法院同意後任命；另多位民進黨立委則抨擊翁曉玲「違憲上癮」。
翁曉玲提出《中央行政機關組織基準法》修正草案，增訂三級獨立機關正副首長，應經立法院同意後任命，且增訂各相關組織法律不得排除本法的適用，引發討論。
人事行政總處表示，現行相當三級機關的獨立機關，包括國家運輸安全調查委員會、核能安全委員會、不當黨產處理委員會合議制成員，是由行政院任命，不適合改由立法院同意後任命。原因包括：三級獨立機關是基於特定專業領域設立，職能偏重技術監理、專業審查及事實查證，屬專業導向的監督管制機關；《基準法》第21條已規定，其合議制成員具有同一黨籍者不得超過一定比例，已具備基礎政治均衡性的要求；最後，其任命程序應強調回歸專業取向為主，避免因政治性而失去專業中立。
人總表示，至於相當二級機關的獨立機關如NCC、中選會、公平交易委員會，偏重於廣納社會多元價值，處理人民重大公益事務與資源分配，直接對人民產生規制效果，影響權益甚鉅，必須充分顧及政治與社會多元價值及意見，其成員任命有受國會監督必要。
翁曉玲今日在立法院受訪表示，她提案本意是希望所有獨立機關的首長必須是專業、獨立、客觀，而且要有比較淡的政治性。
民進黨團幹事長鍾佳濱則表示，翁曉玲提案侵犯《憲法》對行政權專屬的保障，也逾越該法本身性質，應循正規修法途徑。另民進黨立委吳思瑤則表示，翁曉玲「違憲上癮」，就是想把持黨產會，讓黨產復辟；另因國民黨擁抱核能，就染指核安會人事權。
