大陸向全球宣布變更「在華註冊證」申請格式已經2年，但負責協助台商的衛福部態度消極，造成許多想出口大陸的台商至今仍是不得其門而入。
大陸在2022年3月9日即通知我方，要求以書面方式提交「在華註冊證」申請，衛福部當年3月18日在食藥署「食品輸銷衛生安全整合管理平台」之「輸中食品專區」建立登錄平台，由台商自行填寫申請書。
據衛福部說法，食藥署自2021年10月起，協助台灣外銷食品到大陸的業者，提交3232件產品數據，申請「在華註冊證」，但截至2022年12月，卻只有792件完成註冊、31件自行註銷、2409件被視為不合格，換言之，有多達七成五的產品被禁止輸入大陸。
在輿論批評衛福部「輔導不力」後，衛福部卻推說是中國要求台商提供「原料/配料在產品中占比」等資訊，綠媒更渲染成「中國要台商交出產品配方」。
食藥署還點名，台北名店佳德鳳梨酥進口中國被要求補件，但由於補件內容涉及配方比例和工藝手法流程表等商業機密，佳德拒絕補件，因此無法再出口至中國。
事實上，台商反映，產品被大陸禁止進口的主要原因可能是產地標示未標明「中國台灣」；2023年3月底，商總赴陸溝通後，大陸海關總署副司長樓軍文即表示，台灣產品原產地可以直接標示「台灣」。根本與衛福部所謂的「中國要台商交出配方」無關。
一位台商知名食品業者2023年8月透過衛福部登錄平台申請「在華註冊證」，一直沒下文，也不知道透過那個管道詢問；當年12月初，該台商利用到北京出席官方活動的機會，向國台辦官員請教，透過協助，調出她的申請文件一看，才知道被卡關的關鍵是申請書中有中華民國的國旗標示，同時有中華民國紀年。
2023年12月底，上述台商再次透過衛福部平台補件，但至今仍無下文，她最近再透過上海保稅倉業者向大陸海關總署了解申請案的進度。
上述台商不滿衛福部，既然大陸不接受申請文件中的國旗及民國紀年，為何不通知台商？讓她白白浪費將近8個月的時間，要不是她不斷找關係了解情況，她的申請案可能就永遠被卡關。
