陸委會近年指控海峽論壇是統戰平台，今年更擴大限制地方政府出席，不過，陸委會主委邱垂正先前卻被國民黨抓包過去曾親自參加首屆海峽論壇一事，遭外界質疑根本是「雙重標準」。對此，邱垂正則稱，是實地參與後，經觀察與訪談，才更清楚認識到海峽論壇的本質。
邱垂正今天在廣播節目上先稱，17年前他在金門大學任教期間，受校長委託才前往廈門，與當地院校洽談交換學生合作事宜。期間，熟識的廈門大學教師建議他順道前往了解海峽論壇，並協助完成報名程序。
他指出，當時海峽論壇剛創辦，政府對相關活動並未設下限制，中央部會官員、地方政府人士以及民間團體代表均有人參與。隨後他強調，自己只在論壇周邊活動觀察，並訪談大陸學者及籌辦單位人員，沒有進入主會場的重要席次參與活動。
邱垂正表示，實際了解與觀察後，他逐漸認為海峽論壇並非兩岸對等交流的平台，而是由大陸單方面主導設計、用以展現所謂兩岸「大交流、大合作」成果的對台統戰平台，批評稱統戰色彩相當濃厚。
他又指出，返台後曾將相關觀察整理成報告，提供學界與有需要的單位參考，也提醒各界參與海峽論壇時應留意可能存在的統戰風險。他認為，大陸領導人在論壇上單方面宣達對台政策，而台灣官員在場聆聽，並非符合對等與尊嚴原則的交流模式。
邱垂正進一步表示，經過前3屆論壇經驗累積後，當時的馬英九政府自2012年第4屆海峽論壇起，便已禁止中央機關人員出席，即使當時兩岸關係相對和緩，政府仍認為中央官員不宜參加。
此前，台東縣長饒慶鈴以預錄影片方式參與海峽論壇並推廣台東鳳梨釋迦，陸委會已請內政部查處，是否涉及《兩岸人民關係條例》第33條之1相關規範。邱垂正接受廣播節目專訪時表示，陸委會並不懷疑饒慶鈴協助農民行銷農產品的初衷，但認為推廣農產品有許多市場與管道，沒有必要透過具有統戰性質的平台進行。
他指控，過去疫情期間也曾出現錄影方式參與活動類似案例，因此仍有必要了解是否涉及相關法規問題，但邱垂正隨後改口，目前並未直接認定饒慶鈴違法，強調是因接獲檢舉後，依法請主管機關進一步調查。
邱垂正也提到，饒慶鈴年初赴陸期間，曾因變更行程與宋濤會面，卻未依規定事先向主管機關報備，因此遭相關單位註記違規紀錄。由於聯審機制對此有所疑慮，因此後續赴陸申請未獲核准。
此外，針對大陸演員張凌赫日前於海峽論壇發表談話，以及國民黨立委陳玉珍公開邀請其赴金門交流一事，邱垂正則嗆，統戰平台往往會運用多元方式提升吸引力，無論是農漁產品採購、經濟利益，或影視明星參與，都可能成為相關操作的一部分。
