由於川普政府發布為期90天的暫停對外援助的行政命令，世界各地許多公共衛生計畫和醫學研究計畫受影響紛紛關閉。諸如針對肺結核、瘧疾、愛滋病等重大疾病的救治和預防計畫因此無法獲得資金工作將叫停。這將會對發展中國家的衛生系統造成嚴重衝擊。
《紐約時報》1日報導，雖然美國國務卿盧比奧（Marco Rubio）宣布「救命人道主義援助」資金可以豁免，免遭凍結的命運，然而，已經因為資金不足而關閉的愛滋病和肺結核醫療計畫已被美國國際開發署（USAID）告知，除非收到書面指示，說明他們適用豁免令，否則不得運作。
盧比奧宣布部分醫療援助豁免，實際效果有限，許多非營利組織被排除，無法運作。而美國國際開發署的大量員工被解僱，衛生計畫的運作陷入停滯，導致全球多地醫療系統陷入癱瘓。
烏干達的瘧疾控制計畫已暫停向村民噴灑殺蟲劑，並停止向孕婦和兒童發放蚊帳，240萬頂蚊帳因資金凍結無法運送至撒哈拉以南的非洲地區，全球衛生供應鏈的運作受到嚴重影響。瘧疾防治計畫的中斷可能導致雨季期間兒童死亡率上升。
在尚比亞，包括用於止血的孕婦藥物和用於治療幼兒腹瀉的生理食鹽水等醫療物資都無法運送到醫療院所，因為運輸這些物資的卡車是接受美國國際開發署的資助的。南亞、非洲和拉丁美洲的數十項臨床試驗也必須暫停。參與研究的數千人體無法再獲得持續治療，也無法再接觸到研究人員。
《紐時》記者走訪20多位研究人員和專案經理，多不願公布姓名，因為他們擔心接受記者採訪會影響他們計畫重新啟動的可能性。受訪研究人員表示數十年防治成果因資金凍結而迅速崩潰，許多人深感絕望。他們指出，計畫支持了抵抗傳染病的第一線工作，提供治療和預防措施，幫助數百萬人避免死於愛滋病、肺結核、瘧疾和其他疾病。他們也強調計畫的中止影響了美國在國際間展現的慈善形象，而中國正在開發中國家不斷擴大影響力。
