日本百日咳患者數量正在迅速增加。根據日本國立感染症研究所的統計，2025年第1至第12周（2024年12月30日至2025年3月23日）日本百日咳病例總數已達4100例，超過2024年全年患者人數4054人。
《日本經濟新聞》報導，，日本兒科學會於上月（3月）29日發表了題為《關於百日咳患者增加和大環內酯類抗藥性菌株分離率上升》的報告，指出自2018年1月1日起，百日咳已被日本指定為《傳染病控制法》規定的「第五類傳染病」，需要在診斷後7天內向當地公共衛生中心報告病例，包括成年感染者個案。目前日本已經可以掌握患者的發病情況，包括疫苗接種史。
由於新冠肺炎大流行、民眾加強防疫意識，百日咳感染的病例數自2020年起有所減少，但自2024年中期以來一直在增加，也有嚴重病例的通報。厚生勞動省提醒，日本國內已分離出對大環內酯類抗生素（Macrolide antibiotics，包括紅黴素Erythromycin、阿奇黴素Azithromycin及克拉黴素Clarithromycin等）具抗藥性百日咳桿菌的報告日益增多，並提醒民眾，除了目前的常規疫苗接種外，建議民眾可選加接種三聯疫苗。
百日咳是一種以兒童為主要感染對象，並導致持續嚴重咳嗽的疾病。隨著患者增加，日本各地陸續有通報指出，因出現「抗藥性菌」導致過去被用來治療的藥物失效。百日咳是會導致持續嚴重咳嗽的細菌性傳染病，嬰兒感染後有可能造成重症甚至死亡。
近期東京都的醫院傳出，有出生剛滿月的嬰兒感染百日咳的死亡案例，專科醫師呼籲應盡速為嬰兒接種疫苗。
