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2005年4月8日，前總統陳水扁參加教宗若望保祿二世追思彌撒，當時被標榜為重大外交突破；20年後，賴清德總統無法親自出席教宗方濟各的殯葬彌撒代表了外交挫敗，不但台梵邦誼出現裂痕，民進黨對外關係的策略與運作也面臨全線崩盤局面。
教宗方濟各於21日逝世，外交部政務次長吳志中23日高調宣布，政府全力交涉讓總統可以出席追思彌撒，基於台灣與教廷的正式外交關係，並有陳水扁出席若望保祿二世喪禮，前總統馬英九於2013年3月參加教宗方濟各就職彌撒的前例可循，這個安排符合外交慣例，與50多國元首同台有助於提升台灣國際形象與知名度，但當天下午情勢急轉直下，外交部宣布，賴總統指派前副總統陳建仁擔任總統特使，代表我國前往教廷出席喪禮弔唁。
外交部新聞稿強調，台梵邦誼源遠流長，雙方互動密切，經過雙方討論，由於陳建仁曾六度晉見教宗方濟各，並獲教宗親自頒授教廷宗座科學院院士證章，與教宗關係深厚，因此，決定由他代表我國出席教宗喪禮。言之冠冕堂皇，但都無法掩飾賴清德無法循往例親自參加梵蒂岡重要儀式的事實，而在處理過程只見政治任命的高層官員好大喜功，外交手腕拙劣，毫無專業外交素養可言。
至於所謂知情人士表示，義大利政府反對是賴清德或副總統蕭美琴無法出席喪禮的原因，這也是推託之詞，因為，根據教廷與義大利之間的協議，只要教廷同意，義大利沒有理由反對入境。
遷館論 台梵關係鬆動
1999年時任教廷國務卿蘇達諾指出，只要北京當局能夠允許宗教自由，駐華大使館當晚就可以從台北遷到北京，「遷館論」早為台梵關係可能生變埋下伏筆，教廷亟欲改善與中共的關係令台灣外交當局備感壓力。
2005年陳水扁參加教宗若望保祿二世追思彌撒，一直等到專機起飛前3小時才得到教廷的正面回應，阿扁當時趁勝追擊，希望能緊接出席教宗本篤十六世的就職大典，但在最後一刻遭到拒絕，充分說明雙邊關係已處於風雨飄渺之中。這次賴政府外交團隊草率宣布安排賴清德前往教廷，顯示他們對教廷政策、立場及台梵微妙關係缺乏正確、深入了解，樹大招風更只是自暴其短。
教宗方濟各生前對提升與中國大陸關係存有夢想，對香港及大陸人權問題保持緘默；2018年9月北京與教廷簽訂「陸梵主教任命臨時協議」，解決了雙方對主教任命權的歧見；拔擢駐委內瑞拉大使帕羅林為國務卿，就是要推動他的中國夢。
帕羅林曾表示，梵蒂岡長期以來一直希望能夠在中國擁有穩定的存在，梵蒂岡可以考慮為此制定新的外交方案，其中包括在中國大陸設立常設辦事處，提升雙方關係。台灣更須警惕的是，根據外媒報導，帕羅林是下一任教宗最熱門人選之一，未來台梵雙邊關係可能將面對更嚴峻的考驗，若賴政府持續目前意識形態掛帥的政策，恐難以因應新的局勢。
只有中國 教廷基本立場
教廷堅守只有中國立場，不分「中華民國」或「中華人民共和國」，更無台灣可言，如教廷在台北的大使館正式名稱就是「駐中國大使館（Apostolic Nunciature to China）」。陳水扁、馬英九出席教廷重要典禮的名牌都只標示中國（China），教廷官方給予台灣駐教廷大使的官銜也是「中國大使」。
而我外交部的官網將所有駐中華民國大使館都列為「駐台使館」，教廷大使館（Apostolic Nunciature）被刻意省掉中國字眼。而中華民國駐教廷大使館名稱也從「中國大使館」、「中華民國大使館」，變成現在的「中華民國（台灣）大使館」，反而凸顯雙方對國家認知格格不入，存在重大落差，這對維持雙邊關係只會產生負面影響。賴清德這次外交出擊受挫就是反映出政策錯誤，主其事者顢頇無能造成的惡果。
民進黨再度執政已與10個邦交國斷交，目前只剩下12個邦交國，與教廷關係鬆動只是冰山一角。為了向美國總統川普交心表態，賴政府不但放棄了守護台灣經貿利益的防線，更擴大為要「脫中入北」，未來台灣外交政策聚焦以美國為核心的「全球北方」先進國家。
但除了教廷之外，台灣現有邦交國基本上都是屬於「全球南方」的開發中國家，在民進黨政府心目中，這些邦交國如同「雞肋」；前總統李登輝的「南向政策」、蔡英文的「新南向政策」是否從此束諸高閣？為了因應川普極限施壓，賴政府自絕南方世界，將使台灣更趨孤立與邊緣化。
