國會改革法案在立法院三讀通過後，民進黨啟動反制，傳出賴清德總統考慮啟動院際協調權作為暫緩實施的反制作為。對此，總統府發言人郭雅慧表示，總統府尊重民進黨團聲請釋憲及行政院研議提出覆議的決定，並將在收到立法院咨文及行政院呈報後，審慎因應、依法處理，目前並無啟動院際協調的相關規劃。
國會改革法案的通過，引發朝野立委間的激烈攻防，除了行政院長卓榮泰表態遺憾，強調將規畫提出覆議救濟之外，後續也傳出賴清德總統有意依照憲法第44條，啟動院際協調權，召集五院院長會商，以解決國會改革爭議，但在野黨立委認為，賴清德的舉措缺乏中立性，難以達到真正的調解效果。
國民黨立委賴士葆表示，賴清德總統自上任後，仍以民進黨主席的角度批判在野黨，已喪失調解院際紛爭的高度與立場。他建議，賴清德該做的是召開國是會議，凝聚全國人民共識。
對於召開國是會議的呼聲，國民黨立委許宇甄也表示贊同，強調目前的行政、立法、監察三院紛爭是源自於朝野之間的互不信任，賴清德總統應與在野黨領袖對話，不能只是扮演綠營的總統。
國民黨立委王鴻薇也質疑，五院院長多為賴清德的支持者，院際協調實質上無法達成真正的調解。她認為，賴清德總統應該以全民總統的角色，解決朝野間的不信任，尤其是在國會改革法案通過後，應尋求更多的共識。
對於賴清德是否將啟動院際協調權，總統府發言人郭雅慧表示，目前總統府並無啟動院際協調的相關規劃，將在收到立法院咨文及行政院呈報後，審慎因應、依法處理。她說，對於民進黨立法院黨團宣布聲請釋憲，及行政院研議提出覆議，總統皆予以尊重。
