國會在野兩黨主導通過《財劃法》修正版本，讓中央再增加釋出財源3753億元給縣市政府後，10月在立院答詢才說「現行是最好版本」的行政院長卓榮泰也改口了。27日他在高雄表示，看到新修正的《財劃法》，擔心會衝擊跨年度、跨縣市計畫，行政院希望能導回正軌，未來再與地方加強溝通，制定一部地方和中央都能接受的《財劃法》，「我們正在做這樣的努力」。
卓榮泰與行政院副院長鄭麗君、經長郭智輝、高雄市長陳其邁，27日在高雄聽取高雄市「亞灣智慧科技創新園區」規劃，擬將高雄港打造成智慧、科技、金融和創新的亞洲新灣區。
卓榮泰致詞稱，「亞灣智慧科技創新園區」計畫，是陳其邁擔任行政院副院長時，與時任行政院長蘇貞昌一起規劃，又經過前院長陳建仁的推動。他表示，行政院核定許多連續性計畫、跨年度或跨縣市工程，希望能順利執行，但看到新修正的《財劃法》有點擔心。
卓揆提到，如果沒有辦法扭轉現狀，也要降低衝擊。他指行政院要努力導回正軌，未來再與地方加強溝通，制定一部中央與地方都能接受，同時對整體建設發展不會影響的一部《財劃法》，「我們正在做這樣的努力」，這樣就不會影響跨縣市、跨年度的預算，很多計劃就能如實展開。
他舉例，以「亞灣2.0」計畫而言，從5年106億改為7年170億，依照新版《財劃法》規定，中央將釋出許多財源，許多跨年度核定的計畫將窒礙難行。不只在高雄，很多縣市都會發生。若沒辦法導正，「很多計劃要重新核定，也是迫不得已」。
10月15日立院新會期甫開議時，面對在野黨將修正《財劃法》列為優先法案，卓榮泰在答詢時表示，現行就是最棒的版本，具體執行也最有把握。
