沙崙農場是無數野生動物世代生活的家，其中包括一級保育類「東方草鴞」，政府被外界批挾「台積電」之名推南科四期沙崙園區開發案，衝擊地方生態。另開發單位首創的體制外「生態保育協作平台」亦遭環團抨擊缺乏法源依據、要求參與者保密，淪為「環評前的小環評」與為開發案背書工具。該案於二階環評範疇界定會議上歷經8小時激辯，因環團、開發單位與環委仍有重大分歧，全案將擇期續審。
行政院去年核定沙崙園區，基地位於台南歸仁，開發面積約506.97公頃，其中規劃的產業用地為248.77公頃，開發範圍以台糖土地為主。
環境部18日全天召開南科四期沙崙園區二階環評範疇界定會議，搶救沙崙草鴞團隊結合台南在地團體痛批，開發單位南科管理局選址失當、破壞生態。由於沙科是為台積電量身打造，團體也再次提醒護國神山台積電，既已承諾遵循國際 AR3T（迴避Avoidance優先） 標準，為何能接受南科管理局將南沙崙東側生態熱區蓋園區公設，甚至用99%為密閉人工林的土地做假生態補償？
環團強調，這不僅是政府陷台積電於不義，更讓草鴞陷入四面楚歌的滅絕危機。要求南科另覓替代場址，不能毀草鴞生態換科學園區，應提出比沙崙農場環境影響小的替代方案。
根據《上下游》報導，除衝擊生態，南管局在環評前設立的體制外「生態保育協作平台」，其程序正當性被環團質疑。「生態保育協作平台」是台灣首創在大型開發案正式環評審查前，由開發單位（南科管理局）主動發起、讓專家學者與民間環保團體提前對話的溝通機制。
平台由行政院跨部會協調，邀請行政院顧問李孟諺、前環保署副署長張豐藤與生態學者黃于玻主持，但監督施政聯盟召集人陳椒華質疑，平台缺乏法源依據，「主持人領政府薪水或是台積電顧問，在這種包裝下令人憂心」。
陳椒華指出，沙崙生態保育協作平台由誰邀請、哪些團體與專家受邀、未受邀者的標準為何，外界難以掌握；且要求參與者必須於過程中保密，「以後是不是有錢財團、政府單位，就去搞這樣的先行平台？」陳椒華表示，如果未來環評都可以這樣先行，再納入環評書件，將來一旦定稿，就是合法的法定文書，容易有「環評前的小環評」疑慮。
監督施政聯盟國土保育組組長陳祺忠也指出，內部曾有將園區北移以保留完整棲地的建議，卻未被採納；蠻野心足生態協會研究員洪碩辰批評，開發單位早在去年6月就「偷跑」調查，無視二階環評法定程序。
對此，此次會議主席、環境部次長葉俊宏澄清，環評委員並未參與該平台，平台意見也非全盤接受，仍須經二階環評實質審查。黃于玻則回應，「平台重在協作而非監督，絕非替開發案背書，參與者日後仍可監督或自由退出」。
他也澄清，保密「君子協定」是為免發言被斷章取義，會議紀錄皆公開在南科網站，且會中曾促成停止樹木疏伐與設置防護網等具體作為。不過，蘋果鳥里山保育基金會籌備處代表人曾瀧永反駁，每次會議民間僅能發言3至5分鐘，顧問公司甚至曾稱平台無代表性，環境影響說明書卻寫「生態協作平台建議」，實質上已扭曲法治程序。
